James Bond lebt nach seinem Rückzug aus dem Dienst mit Madeleine in Matera, doch ein Anschlag bei Vespers Grab und Blofelds Einfluss lassen ihn glauben, sie habe ihn verraten; er verlässt sie und verschwindet aus ihrem Leben. Jahre später bittet ihn CIA-Freund Felix Leiter, den entführten Wissenschaftler Obruchev aufzuspüren, der an «Heracles», einer Nanobot-Waffe, arbeitet, die Menschen anhand ihrer DNA selektiv töten kann.

In Kuba gerät Bond auf einer SPECTRE-Party in eine Falle, doch die Waffe ist so umprogrammiert, dass sie statt Bond alle SPECTRE-Mitglieder tötet, einschliesslich Blofeld, den Bond später unwissentlich mit den Nanobots infiziert. Hinter der Entführung steht Safin, der Heracles zur globalen Waffe ausbauen will und über Madeleines Vergangenheit mit ihrem Attentäter-Vater an Bond gekoppelt ist.

Bond findet Madeleine in Norwegen wieder und erfährt von ihrer Tochter Mathilde, die sie zunächst nicht als sein Kind anerkennt. Safin greift das Landhaus an, Bond kann Ash töten, doch Madeleine und Mathilde werden entführt und auf Safins Insel verschleppt, wo Heracles in industriellem Massstab produziert wird.

Mit Unterstützung der neuen 007 Nomi infiltriert Bond die Basis, tötet Obruchev und öffnet die Schutzschächte, damit ein britischer Raketenangriff die Anlage zerstören kann. Im finalen Duell infiziert Safin Bond mit Nanobots, die Madeleine und Mathilde bei jeder künftigen Berührung töten würden; Bond entscheidet sich, auf der Insel zu bleiben, nimmt Abschied per Funk und stirbt unter dem Raketenhagel, während Madeleine Mathilde offenbart, dass James ihr Vater war.